A hajlékonylemezek és meghajtóik a jelrögzítés elvében, a lemezek felépítésében, a meghajtó működésében jórészt megegyeznek a merevlemezekkel. A legfontosabb különbségek a következők:

• A merevlemezek kapacitása több nagyságrenddel nagyobb;

• A hajlékonylemez cserélhető adathordozó, míg a merevlemezek zárt, légmentes tokban vannak elhelyezve;

• A hajlékonylemez-egység fordulatszáma nagyságrenddel kisebb a merevlemezénél: 360 fordulat/perc;

• Az adatátviteli teljesítmény is nagyságrenddel kisebb: 500 Kbit/sec;

• A jelrögzítés a hajlékonylemezeken MFM, a merevlemezeken pedig RLL kódolással történik;

• A hajlékonylemez csak a lemezhozzáférés esetén kezd el forogni, míg a merevlemezeknél folyamatos a forgás;

• A hajlékonylemez-egység író-olvasó feje fizikailag érintkezik a lemezzel, míg a merevlemezeknél nem;

• Az adatátvitel a hajlékonylemez-egységből a DMA-vezérlővel történik, merevlemezeknél a PCI buszos bus masteringgel.